《最终幻想13》的剧情主要围绕被水晶守护着漂浮在天空的乌托邦——茧，以及外界的“パルス”构成的世界展开。在这个世界里，人们被分为上界（茧）和下界（格兰帕鲁斯），由人和水晶生物（法尔希）共同生存。
上界拥有高科技，人们从不担心衣食，由上界法尔希提供人类需要的一切，人们被圈养在茧里；而下界是巨大的大陆，人们把法尔希当神一样供奉，科技比上界差一些。然而，上界和下界的法尔希相互敌视，发生战争。他们选中人类，赐予人类力量与使命，被选中者称为露希，被送到对方地盘充当战争工具。
故事从茧被外界异物入侵开始，为了维持茧内的安定，管理者圣府决定把受到外界异物影响的人们强制发配到下界。游戏的剧情主要就是讲述在这样的背景下，被发配到下界的主角们如何与命运抗争，并逐渐揭开隐藏在这个世界背后的真相的故事。
在这个过程中，主角们会遇到各种各样的人和事，经历种种困难和挑战，也会收获友情、爱情和成长。
《最终幻想13》的剧情融合了魔法和科技，展现了一个充满未知和可能性的未来世界。同时，它也探讨了人性、命运、自由等深刻的主题，给玩家带来了深刻的思考和感动。
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